祖母綠與其他寶石一樣，有的也有缺陷。為使其天然美質得到提升，增加它的價值，于是對一些色澤淡、淺、裂隙較多的祖母綠用植物油、雪松油浸注，使其完美。此外，還有用樹脂類透明膠充填缺陷的祖母綠，但放大鏡下，能發現充填物較厚處會殘留氣泡，光澤灰暗。還有為了使祖母綠顏色加深，用化學顏料浸染，但高倍放大鏡下，也能見到被浸染的祖母綠內部綠色沿裂隙蜘蛛網狀分布。

祖母綠的綠色來自其內的鉻離子，此特點可以用查爾斯濾色鏡觀察。在查爾斯濾色鏡下，由于鉻離子的存在，大部份的祖母綠會呈現暗紅色，其他綠色代用品則大多呈現暗綠色。這個法則僅可在辨識時作為參考，不能據以斷定真偽，因為某些非洲產的祖母綠，在濾色鏡下不呈紅色，反之，某些人造祖母綠則呈現強烈的紅色。

和祖母綠相似其他天然寶石有翡翠、翠榴石、碧璽、螢石和綠色鋯石等寶石。在很多時候要嚴格區分這些寶石需要用到折光儀、偏光鏡等小型鑒定儀器，依據它們的不同特性將其區分開來；從經驗角度看，翡翠往往具交織纖維斑狀結構；翠榴石比重較大，且有“馬尾狀”包裹體；螢石硬度低、比重大；鋯石則色散強并具明顯雙影等。這些特征都可作為肉眼觀察識別時參考。

與祖母綠相似的合成寶石主要有合成祖母綠，YAG（釔鋁榴石）、綠色玻璃等幾種。其中，天然祖母綠與YAG、玻璃的區分可根據如下兩點進行：

1、天然祖母綠大多會有瑕疵及裂紋。這點和紅寶石有些相似，其瑕疵多呈“棉絮”狀，有時還可見一些黑色的礦物包裹體等雜質；而合成品則大多干凈，或有少量氣泡。

2、祖母綠可見二色性。

從不同方向觀察，寶石呈翠綠色、藍綠色或黃綠色，而玻璃和YAG均只有一種顏色。天然祖母綠與合成祖母綠的區別則大多數需要在實驗室內進行，其特點如下：

（1）天然祖母綠的折光率一般在1.57－1.59之間，而合成祖母綠往往折光率較低，一般小于1.57，但有例外的情況。

（2）天然祖母綠的比重較大，一般大于2.7，而熔融法合成的祖母綠，比重只有2.65－2.66左右。但要注意的是，水熱合成的祖母綠也有比重較高的。

（3）天然祖母綠大多會有瑕疵及三相包裹體，針狀、柱狀、粒狀的結晶礦物包裹體等合成的祖母綠則往往比較干凈，水熱法合成的祖母綠包裹體，呈“窗紗狀”，熔融法合成的祖母綠的包裹體呈面包屑狀。天然與合成祖母綠的包裹體特征不同。

（4）天然祖母綠在紫外線下反應比較遲鈍，或呈暗紅色，而合成祖母綠則往往發強紅色熒光。做此項測試時一般應與標準樣進行對照。

但是，在鑒定中常有例外的情況，一般人憑肉眼，甚至10倍放大鏡是無法準確區別的，特別是現代科學技術的發展使合成品更加逼近天然品，如水熱法合成祖母綠中可出現類似天然包裹物的一些有棱有角的硅鈹石“晶體”，因此，顧客在購買高檔祖母綠飾品時，最好不要光憑感覺，而要商家同時出具鑒定書。鑒定書的結論中光寫“祖母綠”還不行，必須寫明“天然祖母綠”。

鑒定關鍵是天然祖母綠絕大多數有瑕疵或包體，買貴重品最好要有注明“天然”的鑒定書。